Evolúciós Állattani és Humánbiológiai Tanszék
Debreceni Egyetem
in English  |  Magyarul
Ökoinformatika

Szabadon választható speciálkollégium és PhD kurzus

Kreditek: 2

A kurzus keretében a hallgatók a biológusok mindennapi munkájában előkerülő informatikai megoldásokkal és eszközökkel ismerkedhetnek meg. A féléves tárgy keretein belül gyakorlat és elmélet vegyesen kerül elő: geoinformatika, térinformatika, bioinformatika, adatbázisok, szöveg feldolgozás, kép és videó elemzések és algoritmikus megoldások hétköznapi problémákra. A kurzus célja hogy szélesítse a biológus hallgatók látóképét az informatikai eszközök használhatóságáról és betekintést nyerjenek változatos problémák változatos eszközökkel való megoldásába.

 

Tantárgyfelelős oktató: Dr. Bán Miklós

 

Térinformatika blokk

1. Távérzékelés: Drón adatok elemzése
Dr. Szabó Gergely (Debreceni Egyetem Természetföldrajzi és Geoinformatikai Tanszék)

2. Terepi biotikai adatgyűjtés, vegetáció és élőhelytérképezés
Dr. Gulyás Gergely (BioAqua Kft.)

3. Térbeli adatok kezelése: Qgis, R
Végvári Zsolt (Hortobágyi Nemzeti Park Ig.)

4. Mire jó az adatbázis? PostgreSQL, PostGIS
Bán Miklós (Debreceni Egyetem Evolúciós Állattani Tanszék)

5. Webes térinformatika: WMS, WFS, OpenBioMaps
Bán Miklós (Debreceni Egyetem Evolúciós Állattani Tanszék)

Parancssori blokk

6. Szöveg feldolgozás: reguláris kifejezések, R, perl
Bán Miklós (Debreceni Egyetem Evolúciós Állattani Tanszék)

7. Ismételhető tudomány: make, markdown, m4
Barta Zoltán (Debreceni Egyetem Evolúciós Állattani Tanszék)

8. Kép és videó feldolgozás automata és parancssori
eszközökkel: imagick, mplayer, ffmpeg
Bán Miklós (Debreceni Egyetem Evolúciós Állattani Tanszék)

Statisztika/modellezés blokk

9. Bioklimatikus elterjedés modellezés: Maxent, batch maxent R-ből
Végvári Zsolt (Hortobágyi Nemzeti Park Ig.)

Genomika blokk

10. Filogenetikai és filogeográfiai adatfeldolgozás
Sramkó Gábor (MTA Lendület Evolúciós Filogenomikai Kutatócsoport)

11. Genomikai adatok feldolgozása: R, Perl
Barta Zoltán (Debreceni Egyetem Evolúciós Állattani Tanszék)

letölthető oktatási segédanyagok